У 1980-х роках на захід від Клоппенгайма були знайдені неолітичні сміттєві ями та черепки. Розкопки 1990-х років виявили фрагменти глиняних посудин і численні відходи м'ясної промисловості. Знахідки римських черепків і залишків стін у районі Зееля, які інтерпретуються як реліквії римської садиби, свідчать про те, що римляни також були присутні в Клоппенгаймі. У 3 столітті нашої ери тут жили германські племена, а пізніше аламани, доки наприкінці 5 століття їх не витіснили франки. Неподалік від місця розкопок у 1999 році були виявлені франкські могили, які, ймовірно, датуються 6 століттям.

На захід від Клоппенгайма у 1980-х роках були знайдені неолітичні сміттєві ями і відповідні гончарні горщики. Розкопки 1990-х років виявили фрагменти гончарних посудин і численні шматки відходів м'ясної промисловості. Знахідки римських черепків і залишки стін у районі Зееля, які інтерпретуються як рештки римської садиби, свідчать про те, що римляни також були присутні в Клоппенгаймі. У 3 столітті нашої ери тут жили германські племена, а пізніше аламани, доки наприкінці 5 століття їх не витіснили франки. Неподалік від місця розкопок у 1999 році були виявлені франкські поховання, які, ймовірно, датуються 6 століттям.

У 1355 році Клоппенгайм був частиною поселення графа Рупрехта цу Нассау, який проживав у замку Зонненберг; відтоді він належав до домініону або офісу Зонненберг. У 1488 році граф Філіпп цу Нассау-Саарбрюкен передав свою частку Зонненберга з Клоппенгаймом лицареві Філіпу фон Бікену. У 1605 році Клоппенгайм увійшов до складу Вісбаденського графства, у 1787 році - до складу Оберамту, у 1816 році - до складу Амту, а у 1866 році - до складу округу Вісбаден. У 1355 році Клоппенгайм згадується у Вейстумі Вісбаденського графства. До Клоппенгайму належали лісові райони Хакен, Ауслаг і Хокенберг, а також Трокенборн, Заусульг і Тейс-ам-Келлерскопф.

Близько 1200 року вищий суд у Клоппенгаймі належав панам Еппштейнам, а в 1441 році остаточно перейшов до Нассау. Існують свідчення про те, що у 1381 році тут існував суд олдерменів. Він засідав у церкві і був зобов'язаний з'являтися до вісбаденського суду в певні дати близько 1500 року. У 1500 році графи Адольф III Нассау-Вісбаденський та Йоганн Людвіг I Нассау-Саарбрюкенський мали намір побудувати шибеницю на горі Хокенберг між лісами Клоппенгайм та Іґштадт, але це не вдалося через заперечення влади Еппштайна, Усінгена та Вісбадена. Клоппенгайм був укріплений ровом і живоплотом, до якого вели ворота на Вордерштрассе, Пфахльтор і Штіхльтор. У 1462 році Клоппенгайм був спалений під час суперечки за архієпископство Майнца між архієпископом Дітером фон Ізенбургом і графом Нассау.

У 1543 році за графа Філіпа ІІІ була запроваджена Реформація. Першим протестантським пастором у Клоппенгаймі був Герлах Біденкап, який залишався на цій посаді до 1575 року. До парафії також входили села ➞ Аурінген, Гесслох і Наурод.

У Клоппенгаймі вже у 1344 році існував млин. У 1564 році граф Філіп цу Нассау дав дозвіл на будівництво ще одного млина, Оленмюле. В кінці вулиці Гесслохерштрассе був ще млин Пфланценмюле, а в напрямку Аурінгена - млин Хокенбергер. Остання походить від Хокенгаузу, згаданого в документі 1467 року; на малюнку 1580 року будівля нагадує сторожову вежу. Хокенбергер Мюле припинив свою діяльність близько 1955 року, і зараз на його місці знаходиться однойменний готель.

Найстаріша школа в Клоппенгаймі датується 1578 роком і фінансувалася за рахунок колишнього вівтаря та його приладдя. Вчитель відповідав за дзвіницю, а також навчав дітей з Гесслоха та Аурінгена. Шкільна територія складалася з чотирьох гектарів сільськогосподарських угідь, двох лугів, городу з травами та невеликого саду з кухонними травами біля шкільного будинку. У 1749 році було збудовано нову школу, в якій згодом розмістилася ратуша. У 1899/1900 навчальному році було збудовано нове приміщення школи і створено третю викладацьку посаду. Стара будівля стала домівкою для дитячого садка.

Клоппенгайм також постраждав під час Тридцятилітньої війни та подальших пошестей чуми. У 1644 році село пограбували баварці. Після 1672 року пограбування і четвертування повторилися; у 1674 році близько 8 000 воїнів отаборилися в цій місцевості. Вони спустошили поля, почався голод і спалах дизентерії, яка забрала життя 40 осіб. Три дзвони церкви були розбиті солдатами, а мешканці втекли до Вісбадена. Мешканці Клоппенгайма також втекли до курортного міста восени 1688 року.

Приблизно через 100 років Клоппенгайм постраждав від боїв за фортецю Майнц з 1792 по 1799 рік; 13 прусських солдатів були поховані на місцевому цвинтарі. Клоппенгайм був послідовно окупований французькими, прусськими, а потім німецькими військами. Під час штурму школи та ратуші у 1797 році було спалено шкільну та парафіяльну документацію, яка там зберігалася. Відступ французьких військ і козаків, які йшли за ними, приніс нові труднощі і терор у 1813 році.

Витоки парафіяльного маєтку Бляйденштадт у Клоппенгаймі сягають 1076 року. Каплиця, присвячена святому Феррутію, існувала тут щонайпізніше з 1321 року. Вік парафіяльної церкви невідомий; її вежа, оборонна вежа, ймовірно, датується 11-12 століттям. До 1705 року Клоппенгаймом опікувалося абатство Бляйденштадт, а наприкінці 17 століття тут було збудовано новий пасторський будинок. У 1705 році право призначати парафію та обов'язок утримувати церкву і парафію перейшли до Нассау. У 1706-1708 роках костел було розширено, а городяни повинні були надавати робочу силу для будівельних робіт. У 1711 році було придбано орган.

Парафія жила за рахунок вирощування фруктів, зернових і молочного тваринництва; виноробство не було поширене з ранньомодерного періоду. У 1819 році в Клоппенгаймі було 49 фермерів, 27 поденників, три винокури, три бакалійники, один пекар, один коваль, один ткач, один кравець і один бондар, два мірошники, один олійник, два теслі, два шевці, два лимарі, два шинкарі, два корчмарі і один столяр. До 1870 року ця структура торгівлі значно змінилася: тепер Клоппенгаймери все частіше шукали роботу і заробіток у Вісбадені, Майнці, Гьохсті або на залізниці Рейхсбан. Наприкінці 19 століття близько 50% з них працювали в сільському господар стві, по 25% - у ремеслі, чорноробочими або поденниками. У 1930 році близько третини все ще працювали в сільському господарстві, трохи менше половини були робітниками, а решта - самозайнятими та державними службовцями. Перший трактор з'явився в Клоппенгаймі в 1951 році, а з 1960 року кожна ферма мала принаймні один трактор, тоді як сільськогосподарські коні зникли. У 2009 році в Клоппенгаймі налічувалося 154 комерційних підприємства, з яких близько 11 були фермерськими господарствами.

У 1817 році в Клоппенгаймі налічувалися такі муніципальні будівлі: ратуша на церковному подвір'ї, будинок пастуха, пекарня, сторожка, водокачка і сім колодязів. Будинок пастуха був знесений у 1819 році. З 1825 року на північ від села було збудовано новий цвинтар. У 1830 році збудовано нову пожежну станцію. З 1836 року муніципалітет проклав у селі стежки і дороги, а також розширив транспортне сполучення з сусідніми громадами Аурінген, Бірштадт та Іґштадт. Також було покращено каналізаційну систему. У 1846 році муніципальними службовцями були бургомістр, муніципальний службовець, польовий охоронець і нічний сторож.

"Революційні" події 1848 року зачепили і Клоппенгайм. Через чотири тижні після бурхливих березневих подій мешканці заснували народну дружину. Велика повінь сталася 8 липня 1875 року.

У 1630 році в Клоппенгаймі було 66 будинків або вогнищ. У 1684 році кількість мешканців становила 237 осіб. 1820 року у 135 домогосподарствах проживав 481 житель. У 1927 році - 907 осіб. У 1947 році в Клоппенгаймі проживало 1 223 мешканці. У Першій світовій війні загинуло 19 осіб, у Другій світовій війні - близько 75 мешканців, а також троє російських примусових робітників, вбитих гестапо. Після 1945 року Клоппенгайм значно виріс, особливо за рахунок переміщених осіб, переважно з Чехії. У 2015 році тут налічувалося 2 303 мешканці, які проживали у 1 066 домогосподарствах. Великі цегляні будинки на вулиці Гесслохер Штрассе були побудовані після Першої світової війни. Через рік після приєднання до Вісбадена, 1 квітня 1928 року, Клоппенгайм був підключений до водо-, газо- та електропостачання Вісбадена.

Під час бомбардування Вісбадена 2 лютого 1945 року село сильно постраждало, загинуло семеро мешканців. 16 будинків було повністю зруйновано або сильно пошкоджено. Після 1945 року будівельна діяльність спочатку обмежувалася заповненням проміжків між будинками. У 1956 році Рожеву ратушу, яка сильно постраждала під час війни, відремонтували і перетворили на "муніципальну гімназію". "Стара ратуша" на Оберштрассе, 11, де до 1951 року містився дитячий садок, а до 1971 року - місцева адміністрація та поліцейський відділок, стала місцем зустрічей клубів. У 1960 році на Гесслохерштрассе навпроти школи Ернста Ґебеля, у 1970 році на Шніттервеґ і, нарешті, близько 1990 року на Пфортенштрассе з'явилися муніципальні квартири. У 1972 році на Пфаррштрассе з'явився дитячий садок, у 1974 році на місці колишнього цегельного заводу Клоппенгайм побудували нову пожежну частину, а через два роки річку Вешбах перевели в підземні труби. У той же час вздовж каналізованого водотоку були побудовані вулиця Бахштрассе і "Променаденвег". Було прокладено нові каналізаційні, газові та водопровідні труби, а також модернізовано всі дороги в старій частині міста. Ці масштабні будівельні заходи, які стали можливими завдяки державній програмі відродження села, тривали до 1990 року.

У 1980-х роках було збудовано спортивний майданчик з клубом (1982-84), критий манеж для верхової їзди під вулицею Пфортенштрассе (1987) та протестантську парафіяльну залу (1989). У 2002 році колишня парафіяльна комора поруч зі "Старою ратушею" була переобладнана на домашню комору гайматферайну. Найстарішим об'єднанням у Клоппенгаймі є чоловіче хорове товариство, засноване у 1859 році. У 2009 році в Клоппенгаймі налічувалося 18 клубів, а останнім великим клубом, заснованим на сьогоднішній день, є гайматферайн, який був заснований у 1998 році зі своїм гайматшоне.