Кристиан е роден на 8 април 1818 г. в Готруп, Дания. След смъртта на датския крал Фредерик VII на 15 ноември 1863 г. той го наследява. Официалната му титла е: крал на Дания, Вендите и Готите, херцог на Шлезвиг, Холщайн, Стормарн, Дитмаршен, Лауенбург и Олденбург. Заедно със съпругата си Луиза Хесен-Касел той основава линията Глюксбург, която и до днес осигурява датските наследници на трона. Крал Кристиан IX умира на 29 януари 1906 г. в двореца Амалиенборг в Копенхаген.

По време на съвместно посещение с краля на Швеция и Норвегия Оскар II той подписва Златната книга на град Висбаден на 14 май 1902 г.