Основу Висбаденского музея составили коллекции Иоганна Исаака Фрейхерра фон Гернинга, которые по предложению Иоганна Вольфганга фон Гете были приобретены герцогством Нассау и первоначально были доступны для публики в Эрбпринценпале. Были созданы три музея, спонсорами которых стали Ассоциация древностей и исторических исследований Нассау, Ассоциация естественной истории Нассау и Ассоциация искусства Нассау. В 1900 году они стали муниципальной собственностью и с 1920 года представлены в новом здании музея, спроектированном архитектором Теодором Фишером.

В проекте здания Фишера половина картинной галереи предназначалась для проведения временных выставок. В 1920-х и начале 1930-х годов Нассауишерский кунстферайн разработал здесь оживленную выставочную программу. Важные дополнения к коллекции в области классического модернизма были сделаны также с помощью жителей Висбадена. В их число вошли многочисленные картины, постоянно одалживаемые висбаденским коллекционером Генрихом Кирххоффом.

После захвата власти нацистами в 1933 году все картины экспрессионистов и конструктивистов были сначала вывезены в депо, а в 1937 году - в центральное хранилище коллекции в Потсдаме. Кирхгофу пришлось вернуть свои постоянные займы. Герман Фосс был директором музея в 1935-45 годах. Под его руководством было приобретено более 200 произведений, включая высококлассные картины эпохи барокко. С 1943 года Фосс был также специальным представителем Музея фюрера в Линце. Юридическое происхождение его приобретений в настоящее время изучается.

После окончания войны музей стал центральным пунктом коллекционирования американцев в Висбадене. После того как временно хранившиеся здесь художественные ценности, включая Нефертити, были возвращены их владельцам, в 1950-1960-х годах начался этап восстановления музея Висбадена с использованием самых экономичных средств. Именно в этот период тогдашний директор музея Клеменс Вайлер начал формировать важнейшую коллекцию музея - работы Алексея фон Явленского. За последние 25 лет она была расширена с точки зрения качества и подбора работ и стала самой значительной в мире коллекцией этого художника. Дополнительный вес отделу классического модернизма придали 30 картин и рисунков высочайшего уровня из усадьбы Ханны Беккерс фом Рат, которые Ферейн цур Фёрдерунг дер Бильден Кунст в Висбадене приобрел в 1987 году и предоставил музею Висбадена в постоянное пользование. Музей также специализируется на конструктивном искусстве. Особого внимания заслуживают переданное в 1997 году имение художника Фридриха Вордемберга-Гильдеварта (1899-1962) и коллекция работ русского художника Эдуарда Штейнберга, которая находится в музее Висбадена с 2013 года. В в Висбадене. После того как временно хранившиеся здесь художественные ценности, включая Нефертити, были возвращены их владельцам, в 1950-1960-х годах начался этап восстановления музея Висбадена с использованием самых экономичных средств. Именно в этот период тогдашний директор музея Клеменс Вайлер начал формировать важнейшую коллекцию музея - работы Алексея фон Явленского. За последние 25 лет она была расширена с точки зрения качества и подбора работ и стала самой значительной в мире коллекцией этого художника. Дополнительный вес отделу классического модернизма придали 30 картин и рисунков высочайшего уровня из усадьбы Ханны Беккерс фом Рат, которые Ферейн цур Фёрдерунг дер Бильден Кунст в Висбадене приобрел в 1987 году и предоставил музею Висбадена в постоянное пользование. Музей также специализируется на конструктивном искусстве. Особого внимания заслуживают переданное в 1997 году имение художника Фридриха Вордемберга-Гильдеварта (1899-1962) и коллекция работ русского художника Эдуарда Штейнберга, которая находится в музее Висбадена с 2013 года. В 1962 году Музей Висбадена стал отправной точкой движения Флюксус.

После того, как в 1973 году Висбаденский музей перешел в собственность земли Гессен, изначально независимые три музея в организационном плане превратились в три музейных отдела. В связи с планами по созданию городского музея, весной 2010 года коллекция древностей Нассау была возвращена в муниципальную собственность. Сегодня в распоряжении двух музейных отделов - художественного и естественно-исторического - более 7 000^{квадратных метров} выставочных площадей.

В 2007 году Музей Висбадена был отмечен немецкой секцией Международной ассоциации художественных критиков (AICA) как "Музей года" за выставочную деятельность и работу в области современного искусства. Этой чести музей обязан расширению профиля своей коллекции, в которой особое внимание уделяется Явленскому и его окружению, конструктивизму в контексте Фридриха Вордемберга-Гильдеварта и так называемому тихому авангарду с 1960-х годов.

После завершения комплексной реконструкции двух крыльев здания, в мае 2013 года были вновь открыты экспозиция "Старые мастера" в южном крыле и постоянная выставка коллекций естественной истории под названием "Эстетика природы" в северном крыле музея.

Клар, Александр (ред.): Музей Висбадена. Художественные коллекции. Художественные коллекции, Мюнхен 2015.