Первые находки поселений в районе современной столицы австрийской провинции Каринтия, Клагенфурта-на-Вёртерзее, относятся к бронзовому веку. Раскопки нескольких римских вилл и могил доказывают, что во времена римской оккупации до VI века здесь были лишь отдельные поселения.

В 1142 году граф Бернхард основал цистерцианский монастырь Виктринг, положив тем самым начало первой обширной колонизации региона. Название Клагенфурт впервые было зафиксировано в монастырских документах 1190-х годов. В 1252 году Клагенфурт получил городскую грамоту, а с середины 1250-х годов для защиты жителей был построен замок. Первая церковь была построена в XIV веке и впервые упоминается в документе 1347 года.

Во время Реформации весь город присоединился к протестантскому движению. Индустриализация началась в Клагенфурте с подключением к железнодорожной сети в 1863 году и достигла своего пика с полной электрификацией в 1896 году.

После Первой мировой войны жители города на референдуме большинством голосов высказались за то, чтобы Клагенфурт остался в составе Австрии.

В 1930 году между Клагенфуртом и Висбаденом был установлен первый в мире побратимский союз. И по сей день между ними происходят регулярные обмены на социальном, политическом и культурном уровнях.

18 октября 1973 года городской сенат австрийского города-побратима посетил столицу земли Гессен. После краткого приветствия члены делегации подписали Золотую книгу города.