Primele descoperiri de așezări în zona actualei capitale a provinciei austriece Carintia, Klagenfurt am Wörthersee, datează din epoca bronzului. Săpăturile de la câteva vile și morminte romane demonstrează că, în timpul ocupației romane, până în secolul al VI-lea, au existat doar așezări izolate.

În 1142, contele Bernhard a fondat mănăstirea cisterciană Viktring, inițiind astfel prima colonizare extinsă a regiunii. Numele Klagenfurt a fost menționat pentru prima dată în documentele monahale din anii 1190. În 1252, Klagenfurt a primit statutul de oraș, iar de la mijlocul anilor 1250 a fost construit un castel pentru a proteja locuitorii. Prima biserică a fost construită în secolul al XIV-lea și menționată pentru prima dată într-un document din 1347.

În cursul Reformei, întregul oraș s-a alăturat mișcării protestante. Industrializarea a început în Klagenfurt odată cu conectarea la rețeaua feroviară în 1863 și a atins apogeul odată cu electrificarea completă în 1896.

După Primul Război Mondial, locuitorii au decis, în cadrul unui referendum, cu o majoritate clară, ca Klagenfurt să rămână parte a Austriei.

În 1930, prima înfrățire de orașe din lume a fost stabilită între Klagenfurt și Wiesbaden. Până în prezent, există schimburi regulate la nivel social, politic și cultural.

La 18 octombrie 1973, senatul orașului înfrățit austriac a vizitat capitala landului Hessian. După o scurtă primire, membrii delegației au semnat Cartea de Aur a orașului.