I primi ritrovamenti di insediamenti nell'area dell'attuale capoluogo della provincia austriaca della Carinzia, Klagenfurt am Wörthersee, risalgono all'età del bronzo. Gli scavi di alcune ville e tombe romane dimostrano che durante l'occupazione romana, fino al VI secolo, esistevano solo insediamenti isolati.

Nel 1142, il conte Bernhard fondò il monastero cistercense di Viktring, dando così inizio alla prima colonizzazione estensiva della regione. Il nome Klagenfurt è documentato per la prima volta in documenti monastici del 1190. Nel 1252 Klagenfurt ottenne lo statuto di città e dalla metà del 1250 fu costruito un castello per proteggere gli abitanti. La prima chiesa fu costruita nel XIV secolo e menzionata per la prima volta in un documento del 1347.

Nel corso della Riforma, l'intera città aderì al movimento protestante. L'industrializzazione iniziò a Klagenfurt con il collegamento alla rete ferroviaria nel 1863 e raggiunse il suo apice con la completa elettrificazione nel 1896.

Dopo la Prima Guerra Mondiale, gli abitanti decisero con un referendum a netta maggioranza che Klagenfurt sarebbe rimasta parte dell'Austria.

Nel 1930 fu istituito il primo gemellaggio tra Klagenfurt e Wiesbaden. Ancora oggi esistono scambi regolari a livello sociale, politico e culturale.

Il 18 ottobre 1973, il Senato cittadino della città gemellata austriaca ha visitato la capitale dell'Assia. Dopo un breve benvenuto, i membri della delegazione firmarono il Libro d'Oro della città.