Τα πρώτα ευρήματα οικισμών στην περιοχή της σημερινής πρωτεύουσας της αυστριακής επαρχίας της Καρινθίας, Klagenfurt am Wörthersee, χρονολογούνται από την εποχή του Χαλκού. Οι ανασκαφές μερικών ρωμαϊκών επαύλεων και τάφων αποδεικνύουν ότι υπήρχαν μόνο μεμονωμένοι οικισμοί κατά τη διάρκεια της ρωμαϊκής κατοχής μέχρι τον έκτο αιώνα.

Το 1142, ο κόμης Bernhard ίδρυσε το μοναστήρι των Κιστερκιανών Viktring, εγκαινιάζοντας έτσι τον πρώτο εκτεταμένο αποικισμό της περιοχής. Το όνομα Klagenfurt καταγράφηκε για πρώτη φορά σε μοναστηριακά έγγραφα από τη δεκαετία του 1190. Το 1252 το Κλάγκενφουρτ έλαβε δημοτικό χάρτη και από τα μέσα της δεκαετίας του 1250 χτίστηκε ένα κάστρο για την προστασία των κατοίκων. Η πρώτη εκκλησία χτίστηκε τον 14ο αιώνα και αναφέρεται για πρώτη φορά σε έγγραφο το 1347.

Κατά τη διάρκεια της Μεταρρύθμισης, ολόκληρη η πόλη προσχώρησε στο προτεσταντικό κίνημα. Η εκβιομηχάνιση ξεκίνησε στο Κλάγκενφουρτ με τη σύνδεση με το σιδηροδρομικό δίκτυο το 1863 και έφτασε στο απόγειό της με την πλήρη ηλεκτροδότηση το 1896.

Μετά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο, οι κάτοικοι αποφάσισαν σε δημοψήφισμα με σαφή πλειοψηφία υπέρ της παραμονής του Κλάγκενφουρτ στην Αυστρία.

Το 1930 ιδρύθηκε η πρώτη αδελφοποίηση πόλης στον κόσμο μεταξύ του Κλάγκενφουρτ και του Βισμπάντεν. Μέχρι σήμερα, υπάρχουν τακτικές ανταλλαγές σε κοινωνικό, πολιτικό και πολιτιστικό επίπεδο.

Στις 18 Οκτωβρίου 1973, η γερουσία της αυστριακής αδελφοποιημένης πόλης επισκέφθηκε την πρωτεύουσα του κρατιδίου της Έσσης. Μετά από ένα σύντομο καλωσόρισμα, τα μέλη της αντιπροσωπείας υπέγραψαν τη Χρυσή Βίβλο της πόλης.