Otuz Yıl Savaşları da Wiesbaden'de derin yaralar ve yıkımlar bırakmıştır. Protestan hükümdar başlangıçta tarafsız kalmaya çalışsa da, şehir defalarca ve kalıcı olarak savaş kargaşasına dahil oldu.

Ağustos 1620 gibi erken bir tarihte İspanyol birlikleri bölgeye doğru yürüyüşe geçti. Wiesbaden halkı, düşman birliklerinin bedelini doğal kaynaklarla ödediği bir koruma mektubu olan "Salva guardia "yı elde etmişti. Sonraki yıllarda imparatorluk, İspanyol, İsveç (1631/32) ve diğer birlikler bölgeden geçerek kenti yağmaladı ya da ayni ödemeler yapmaya zorladı. Kont Johannes zu Nassau-Idstein ve Wiesbaden başlangıçta galip gelen İsveç tarafına katılırken, imparatorluk birlikleri İsveç yenilgisinden sonra geri dönüp intikam alınca kaçmak zorunda kaldı. 1637 yılında Wiesbaden on yıllığına Mainz'ın bir parçası oldu, ancak başpiskoposun Wiesbaden'deki dini özgürlüğü ciddi bir şekilde tehlikeye atmadığı söylenir.

Bavyera birliklerinin şehre yeniden bir "koruma mektubu" verdiği, ancak yine de sistematik olarak yağmaladığı ve kalan sakinlere kötü davrandığı 1644 yılı, Wiesbaden tarihinin mutlak "dip noktası" olarak kabul edilir; hayatta kalan tüm sakinlerin şehri terk ettiği söylenir. Bazıları gönülsüzce geri döndü. 1646'da kasaba bir kez daha Yüzbaşı Engelheimer tarafından uygulanan bir katkı payı ödemek zorunda kaldı.

Nassau Kontu Johannes 1647'de savaşın bitiminden kısa bir süre önce geri döndüğünde, pazar meydanında ona saygılarını sunmak için sadece 51 vatandaş kalmıştı. Kasabada hala birkaç yüz kişi yaşıyor olabilir. Tavşan ve tavukların pazar meydanındaki çitlere ve çalılara yuva yaptığı söylenmektedir. Hamamlar kötü durumdaydı, birçok ev yıkılmıştı ve kasaba surları tamamen terk edilmişti. Diğer birçok Alman şehri gibi Wiesbaden'in de savaş felaketinden bir ölçüde kurtulması onlarca yıl aldı.

XVII. yüzyılın ikinci yarısında Nassau prensleri, özellikle Frankfurt'un batısında ve bugün kuzey Hessen'de bulunan Fransız dini mültecilere (Huguenotlar) yeni bir yuva sunarak, yurtdışından "yeni vatandaşlar" çekmekte bir ölçüde başarılı oldular. Bu politika oldukça başarılı oldu.

Wiesbaden'in de bu "nüfus artırma önlemlerinden" ne ölçüde etkilendiği ve cömert vergi indirimleri ve benzerleriyle yeni yerleşimcileri Wiesbaden'e çekme girişimlerinin gerçekten başarılı olup olmadığı bilinmemektedir. Her halükarda, Wiesbaden'in nüfusu 17. ve 18. yüzyılların sonunda önemli ölçüde artmamıştır. Wiesbaden 19. yüzyılın başlarına kadar oldukça önemsiz bir çiftçi kasabası olarak kaldı. Bu durum ancak Nassau Dükalığı'nın başkenti olduğunda değişti.