Тридцатилетняя война оставила глубокие шрамы и разрушения и в Висбадене. Хотя протестантский государь поначалу пытался сохранять нейтралитет, город неоднократно и надолго оказывался вовлеченным в военную суматоху.

Уже в августе 1620 года по региону прошли испанские войска. Жители Висбадена получили "Salva guardia", охранную грамоту, за которую вражеские войска дорого заплатили натуральными припасами. В последующие годы имперские, испанские, шведские (1631/32 гг.) и другие войска проходили через город и заставляли платить натурой или грабили его. Поскольку граф Иоганн цу Нассау-Идштейн и Висбаден присоединились к первоначально победоносной шведской стороне, ему пришлось бежать, когда имперские войска вернулись после шведского поражения и взяли реванш. В 1637 году Висбаден на десять лет вошел в состав Майнца, но, как говорят, архиепископ не подвергал серьезной опасности свободу вероисповедания в Висбадене.

Абсолютной "низкой точкой" в истории Висбадена считается 1644 год, когда баварские войска вновь выдали городу "охранную грамоту", но при этом систематически грабили его и жестоко обращались с оставшимися жителями; все уцелевшие жители, как говорят, покинули город. Некоторые вернулись неохотно. В 1646 году город снова должен был выплатить контрибуцию, которую принудительно взимал капитан Энгельхаймер.

Когда граф Иоганн Нассауский вернулся незадолго до окончания войны в 1647 году, на рыночной площади остался только 51 горожанин, чтобы отдать ему дань уважения. Возможно, в городе еще оставалось несколько сотен жителей. Говорят, что в живых изгородях и кустах на рыночной площади гнездились кролики и куры. Бани находились в плачевном состоянии, многие дома обрушились, а городские укрепления были в полном запустении. Висбадену, как и многим другим немецким городам, потребовались десятилетия, чтобы в какой-то мере оправиться от катастрофы войны.

Во второй половине XVII века князья Нассау добились определенного успеха в привлечении "новых соотечественников" из-за границы, например, предложив новый дом французским религиозным беженцам (гугенотам), особенно к западу от Франкфурта и на территории современного северного Гессена. Эта политика была довольно успешной.

Неизвестно, в какой степени Висбаден также был затронут этими "мерами по заселению" и были ли попытки привлечь новых поселенцев в Висбаден щедрыми налоговыми льготами и т. п. действительно успешными. Как бы то ни было, население Висбадена в конце XVII и XVIII веков существенно не увеличилось. Висбаден оставался довольно незначительным фермерским городом вплоть до начала XIX века. Ситуация изменилась только после того, как он стал столицей герцогства Нассау.