Amöneburg se encuentra en una línea fronteriza histórica que ha separado distintos territorios a lo largo de los siglos. En la Edad Media, marcaba la frontera entre Kurmainz y Nassau. Más tarde, fue la línea divisoria entre el Gran Ducado de Hesse y el Ducado de Nassau, antes de separar el Estado Popular de Hesse de Prusia en el siglo XX.

En 1858 se construyó el primer edificio residencial de Amoeneburg, donde el 12 de marzo de 1859 nació Katharina Partheymüller, la primera niña del recién fundado distrito. Esto marcó el comienzo del desarrollo de Amoeneburg como lugar residencial e industrial.

El desarrollo de Amöneburg comenzó a mediados del siglo XIX con la industrialización. Una de las primeras empresas pioneras fue la Rheinische Glasfabrik, fundada aquí en 1852. Heinrich y Eugen Albert fundaron en 1861 una fábrica para la producción de abono artificial. Wilhelm Gustav Dyckerhoff les siguió en 1864 con sus hijos Gustav y Rudolf y construyeron una fábrica de cemento, que aún existe y dio a Amoeneburgo renombre internacional. El crecimiento de la industria atrajo a más y más gente a Amoeneburg.

La Segunda Guerra Mundial también trajo la destrucción a Amöneburg, incluida la demolición del puente Kaiserbrücke, que se había inaugurado en 1904. Sin embargo, siguieron la reconstrucción y los años del milagro económico, que aseguraron el éxito económico de las empresas aquí establecidas y una buena existencia a los residentes. El municipio siguió expandiéndose y desarrolló una moderna infraestructura.

Amöneburg, el distrito AKK más pequeño, recuerda una historia especial: el distrito pertenecía originalmente a Maguncia, pero tras la Segunda Guerra Mundial, los Aliados definieron el Rin como frontera entre las zonas de ocupación estadounidense y francesa. Los suburbios de Maguncia de Amöneburg, Kastel y Kostheim (AKK), en la orilla derecha del Rin, fueron asignados a Wiesbaden, una decisión que sigue vigente hoy en día y que dio lugar al llamado "conflicto AKK". El dicho "En la orilla derecha del Rin también está Maguncia" ya existía en aquella época.

Una lápida votiva del año 224 d.C. demuestra que Amöneburg ya estaba habitada en época romana.