Amöneburg leży na historycznej linii granicznej, która przez wieki oddzielała różne terytoria. W średniowieczu wyznaczała ona granicę między Kurmainz i Nassau. Później była to linia podziału między Wielkim Księstwem Hesji i Księstwem Nassau, a w XX wieku oddzieliła Kraj Związkowy Hesji od Prus.

Pierwszy budynek mieszkalny Amoeneburga został zbudowany w 1858 roku, gdzie 12 marca 1859 roku urodziła się Katharina Partheymüller jako pierwsze dziecko w nowo założonej dzielnicy. Był to początek rozwoju Amoeneburga jako dzielnicy mieszkaniowej i przemysłowej.

Rozwój Amöneburga rozpoczął się w połowie XIX wieku w trakcie industrializacji. Wczesnym pionierem była fabryka szkła Rheinische Glasfabrik, która została założona w 1852 roku. Heinrich i Eugen Albert założyli fabrykę nawozów sztucznych w 1861 roku. W 1864 r. Wilhelm Gustav Dyckerhoff wraz z synami Gustavem i Rudolfem zbudowali fabrykę cementu, która istnieje do dziś i przyniosła Amoeneburgowi międzynarodową sławę. Rozwój przemysłu przyciągał do Amoeneburga coraz więcej ludzi.

Druga wojna światowa przyniosła również zniszczenia w Amöneburgu, w tym zburzenie mostu Kaiserbrücke, który został otwarty w 1904 roku. Niemniej jednak nastąpiła odbudowa i lata cudu gospodarczego, które zapewniły sukces gospodarczy firmom mającym tu siedzibę i dobry byt mieszkańcom. Gmina nadal się rozwijała i tworzyła nowoczesną infrastrukturę.

Amöneburg, najmniejsza dzielnica AKK, ma za sobą szczególną historię: dzielnica pierwotnie należała do Moguncji, ale po II wojnie światowej alianci określili Ren jako granicę między amerykańską i francuską strefą okupacyjną. Przedmieścia Moguncji Amöneburg, Kastel i Kostheim (AKK) na prawym brzegu Renu zostały przydzielone do Wiesbaden - decyzja, która obowiązuje do dziś i doprowadziła do tak zwanego "konfliktu AKK". Obecnie, w kontekście karnawału, powiedzenie "Na prawym brzegu Renu jest też Moguncja" rzeczywiście istniało w tamtych czasach.

Kamień wotywny z 224 r. n.e. dowodzi, że Amöneburg był zamieszkany już w czasach rzymskich.