Амонебург лежить на історичному кордоні, який протягом століть розділяв різні території. У середньовіччі тут проходив кордон між Курмайнцем і Нассау. Пізніше це була лінія розмежування між Великим герцогством Гессен і герцогством Нассау, перш ніж у 20 столітті відокремити Народну державу Гессен від Пруссії.

Перший житловий будинок в Амонебурзі був побудований в 1858 році. 12 березня 1859 року тут народилася Катаріна Партеймюллер, перша дитина в новоствореному районі міста. Це подія ознаменувала початок розвитку Амонебурга як житлового та промислового району.

Розвиток Амонебурга почався в середині 19 століття в ході індустріалізації. Одним із перших піонерів була Рейнська скляна фабрика, заснована тут у 1852 році. Генріх і Євген Альберт заснували у 1861 році фабрику з виробництва штучних добрив. У 1864 році Вільгельм Густав Дикергоф разом зі своїми синами Густавом і Рудольфом побудував цементний завод, який існує донині і приніс Амонебургу міжнародну популярність. Зростання промисловості приваблювало до Амонебурга все більше людей.

Друга світова війна також принесла руйнування в Амонебург, зокрема, був зруйнований міст Кайзербрюкке, відкритий у 1904 році. Тим не менш, відбудова та роки економічного дива забезпечили економічний успіх розташованим тут компаніям і гарне існування для мешканців. Муніципалітет продовжував розширюватися і розвивав сучасну інфраструктуру.

Амонебург, найменший район АКК, має особливу історію: спочатку район належав Майнцу, але після Другої світової війни союзники визначили Рейн як кордон між американською та французькою окупаційними зонами. Передмістя Майнца Амонебург, Кастель і Костгайм (АКК) на правому березі Рейну були приєднані до Вісбадена - рішення, яке залишається чинним донині і призвело до так званого "конфлікту АКК". Приказка "На правому березі Рейну є ще й Майнц", яка зараз сприймається досить гумористично в контексті карнавалу, насправді існувала в той час.

Камінь з написом, датований 224 роком нашої ери, свідчить про те, що Амонебург був заселений ще в римські часи.