Амонебург лежить на історичному кордоні, який протягом століть розділяв різні території. У середньовіччі тут проходив кордон між Курмайнцем і Нассау. Пізніше це була лінія розмежування між Великим герцогством Гессен і герцогством Нассау, перш ніж у 20 столітті відокремити Народну державу Гессен від Пруссії.

Перший житловий будинок в Амоенебурзі був побудований у 1858 році, де 12 березня 1859 року народилася Катаріна Партаймюллер, яка стала першою дитиною в новоствореному районі. Це стало початком розвитку Амоенебурга як житлового та промислового району.

Розвиток Аменбурга розпочався в середині 19 століття в ході індустріалізації. Першим піонером стала Рейнська скляна фабрика, яка була заснована тут у 1852 році. Генріх та Євген Альберт заснували завод з виробництва штучних добрив у 1861 році. Вільгельм Густав Дікергофф у 1864 році разом зі своїми синами Густавом і Рудольфом побудували цементний завод, який існує донині і приніс Амоенбургу міжнародну популярність. Зростання промисловості приваблювало до Амоенебурга все більше людей.

Друга світова війна також принесла руйнування в Амонебург, зокрема, був зруйнований міст Кайзербрюкке, відкритий у 1904 році. Тим не менш, відбудова та роки економічного дива забезпечили економічний успіх розташованим тут компаніям і гарне існування для мешканців. Муніципалітет продовжував розширюватися і розвивав сучасну інфраструктуру.

Амонебург, найменший район АКК, має особливу історію: спочатку район належав Майнцу, але після Другої світової війни союзники визначили Рейн як кордон між американською та французькою окупаційними зонами. Передмістя Майнца Амонебург, Кастель і Костгайм (АКК) на правому березі Рейну були приєднані до Вісбадена - рішення, яке залишається чинним донині і призвело до так званого "конфлікту АКК". Приказка "На правому березі Рейну є ще й Майнц", яка зараз сприймається досить гумористично в контексті карнавалу, насправді існувала в той час.

Вотивний камінь, датований 224 роком нашої ери, доводить, що Амонебург був заселений ще за часів Римської імперії.