Аменебург се намира на историческа граница, която през вековете е разделяла различни територии. През Средновековието тя бележи границата между Курманц и Насау. По-късно тя е разделителна линия между Великото херцогство Хесен и херцогство Насау, а през XX в. отделя народната държава Хесен от Прусия.

Първата жилищна сграда в Амоенбург е построена през 1858 г., когато на 12 март 1859 г. се ражда първото дете в новосъздадения район - Катарина Партеймюлер. Това поставя началото на развитието на Амоенбург като жилищно и промишлено място.

Развитието на Аменебург започва в средата на XIX век в хода на индустриализацията. Един от първите пионери е Rheinische Glasfabrik, която е основана тук през 1852 г. През 1861 г. Хайнрих и Ойген Алберт основават фабрика за производство на изкуствени торове. През 1864 г. Вилхелм Густав Дайкерхоф заедно със синовете си Густав и Рудолф построява фабрика за цимент, която съществува и до днес и носи на Амоенбург международна известност. Развитието на промишлеността привлича все повече хора в Амоенбург.

Втората световна война довежда до разрушения и в Аменебург, включително до разрушаването на моста Кайзербрюке, открит през 1904 г. Въпреки това следват възстановяването и годините на икономическо чудо, които осигуряват икономически успех на базираните тук компании и добро съществуване на жителите. Общината продължава да се разраства и развива модерна инфраструктура.

Аменебург, най-малкият окръг на AKK, има особена история: първоначално окръгът е принадлежал на Майнц, но след Втората световна война съюзниците определят река Рейн като граница между окупационните зони на САЩ и Франция. Предградията на Майнц - Аменебург, Кастел и Костхайм (АКК) на десния бряг на Рейн - са причислени към Висбаден - решение, което е в сила и до днес и е довело до т.нар. Сега, погледнато по-скоро хумористично в контекста на карнавала, поговорката "На десния бряг на Рейн има и Майнц" действително е съществувала по онова време.

Вотивен камък от 224 г. доказва, че Аменебург е бил обитаван още по римско време.