La región de Breckenheim está habitada desde hace unos 6.000 años. Los hallazgos arqueológicos documentan asentamientos del Paleolítico. Los romanos también dejaron su huella: una calzada romana conducía de Wiesbaden a Hofheim pasando por Bierstadt y Breckenheim, lo que indica la importancia estratégica de la zona.

La primera mención escrita de Breckenheim se encuentra en un documento del año 950, cuando el rey Otón I concedió a su vasallo Gerung varias fincas, entre ellas Breckenheim. En esa época, el pueblo aún no era un asentamiento cerrado, sino que constaba de granjas individuales.

En la Edad Media y a principios de la Edad Moderna, Breckenheim fue destruido en repetidas ocasiones. Durante la Guerra de los Treinta Años, el pueblo sufrió daños considerables, sobre todo en la iglesia.

Breckenheim fue brevemente la sede oficial en 1776 antes de ser trasladada a Wallau. En 1803, Breckenheim pasó a Nassau-Usingen y más tarde al Ducado de Nassau. Durante el periodo de Nassau, se construyeron las primeras carreteras en la ciudad entre 1831 y 1836. Sin embargo, este desarrollo llegó a su fin en 1866 con la anexión por parte de Prusia.

Bajo el dominio prusiano, Breckenheim pertenecía al distrito de Wiesbaden en el distrito administrativo de Hesse-Nassau. En 1928, el distrito de Wiesbaden se disolvió y Breckenheim pasó a formar parte del distrito de Main-Taunus, con centro administrativo en Frankfurt-Höchst. El deseo de incorporación a Wiesbaden quedó insatisfecho ante la negativa del gobierno prusiano.

Breckenheim se libró de grandes destrucciones durante la Segunda Guerra Mundial. La construcción de la autopista entre 1936 y 1939 dividió el distrito y se reorganizaron las parcelas. Tras el fin de la guerra, un gran número de familias de refugiados se trasladaron a Breckenheim, lo que provocó una considerable escasez de viviendas. Sin embargo, esta situación se superó con éxito a principios de la década de 1950 gracias a la construcción intensiva de viviendas.

Breckenheim siguió siendo un pueblo agrícola hasta la década de 1950, pero la agricultura dejó de ser la ocupación principal. Cada vez más habitantes de Breckenheim se dedicaron a los oficios de la sastrería y la construcción. Sobre todo a finales de siglo, Breckenheim se convirtió en un importante centro de artesanos de la "Ländchen". La expansión de Wiesbaden y la industrialización ofrecieron nuevas oportunidades de trabajo.

En la década de 1960, Breckenheim experimentó un fuerte crecimiento gracias a su buena ubicación entre Wiesbaden, Maguncia y Fráncfort y a los favorables precios de los inmuebles. Se crearon nuevas zonas edificables y se ampliaron las infraestructuras. Breckenheim se incorporó a Wiesbaden en 1977, pero conservó su encanto de pueblo.

En 1779 apareció el primer sello de la corte de Breckenheim con el arcángel Miguel como símbolo.