La regione di Breckenheim è abitata da circa 6.000 anni. Reperti archeologici documentano insediamenti risalenti al Paleolitico. Anche i Romani hanno lasciato il loro segno: una strada romana conduceva da Wiesbaden a Hofheim passando per Bierstadt e Breckenheim, il che indica l'importanza strategica della zona.

La prima menzione scritta di Breckenheim si trova in un documento del 950, quando il re Ottone I assegnò al suo vassallo Gerung diversi possedimenti, tra cui Breckenheim. A quell'epoca, il villaggio non era ancora un insediamento chiuso, ma consisteva in singole fattorie.

Nel Medioevo e nella prima età moderna, Breckenheim fu ripetutamente distrutta. Il villaggio fu particolarmente colpito durante la Guerra dei Trent'anni e anche la chiesa subì notevoli danni.

Breckenheim fu per breve tempo la sede ufficiale nel 1776, prima di essere trasferita a Wallau. Nel 1803, Breckenheim passò a Nassau-Usingen e successivamente al Ducato di Nassau. Durante il periodo di Nassau, tra il 1831 e il 1836 furono costruite le prime strade della città. Tuttavia, questo sviluppo si interruppe nel 1866 con l'annessione alla Prussia.

Sotto il dominio prussiano, Breckenheim apparteneva al distretto di Wiesbaden nel distretto amministrativo dell'Assia-Nassau. Nel 1928, il distretto di Wiesbaden fu sciolto e Breckenheim entrò a far parte del distretto Main-Taunus con sede amministrativa a Francoforte-Höchst. Il desiderio di incorporazione a Wiesbaden rimase inappagato perché il governo prussiano si rifiutò.

Breckenheim non ha subito grandi distruzioni durante la Seconda Guerra Mondiale. La costruzione dell'autostrada tra il 1936 e il 1939 ha diviso il quartiere e i lotti sono stati riorganizzati. Dopo la fine della guerra, un gran numero di famiglie di rifugiati si trasferì a Breckenheim, causando una notevole carenza di alloggi. Tuttavia, questa situazione fu superata con successo all'inizio degli anni Cinquanta grazie a un'intensa attività di costruzione di alloggi.

Breckenheim rimase un villaggio agricolo fino agli anni '50, ma l'agricoltura non era più l'occupazione principale. Sempre più abitanti di Breckenheim si dedicarono alla sartoria e all'edilizia. In particolare, verso la fine del secolo, Breckenheim divenne un importante centro per gli artigiani del "Ländchen". L'espansione di Wiesbaden e l'industrializzazione offrirono ulteriori opportunità di lavoro.

Negli anni '60, Breckenheim ha registrato una forte crescita grazie alla sua buona posizione tra Wiesbaden, Magonza e Francoforte e ai prezzi favorevoli degli immobili. Furono create nuove aree edificabili e furono ampliate le infrastrutture. Nel 1977 Breckenheim fu incorporata a Wiesbaden, ma mantenne il suo fascino di villaggio.

Nel 1779 apparve il primo sigillo della corte di Breckenheim con l'arcangelo Michele come simbolo.