Районът около Брекенхайм е обитаван от около 6000 години. Археологически находки свидетелстват за селища от палеолитната епоха. Римляните също са оставили своя отпечатък: римски път е водел от Висбаден през Биерщад и Брекенхайм до Хофхайм, което показва стратегическото значение на района.

Първото писмено споменаване на Брекенхайм се намира в документ от 950 г., когато крал Ото I дава на своя васал Герунг няколко имения, сред които и Брекенхайм. По това време селото все още не е било затворено селище, а се е състояло от отделни ферми.

През Средновековието и ранното съвремие Брекенхайм многократно е разрушаван. Селото е засегнато особено тежко по време на Тридесетгодишната война, като църквата също претърпява значителни щети.

През 1776 г. Брекенхайм за кратко е официално седалище, преди да бъде преместен във Валау. През 1803 г. Брекенхайм преминава към Насау-Усинген, а по-късно към херцогство Насау. По време на периода Насау в града са построени първите пътища между 1831 и 1836 г. Това развитие обаче приключва през 1866 г. с анексирането на града от Прусия.

По време на пруското управление Брекенхайм принадлежи към окръг Висбаден в административния окръг Хесен-Насау. През 1928 г. окръг Висбаден е разформирован и Брекенхайм става част от окръг Майн-Таунус с административен център Франкфурт-Хьохст. Желанието за присъединяване към Висбаден остава неосъществено, тъй като пруското правителство отказва.

По време на Втората световна война Брекенхайм е пощаден от големи разрушения. Изграждането на магистралата между 1936 и 1939 г. разделя района и парцелите са реорганизирани. След края на войната голям брой семейства на бежанци се преместват в Брекенхайм, което води до значителен недостиг на жилища. Той обаче е успешно преодолян в началото на 50-те години на ХХ век благодарение на интензивното жилищно строителство.

До 50-те години на ХХ век Брекенхайм остава земеделско селище, но земеделието вече не е основен поминък. Все повече жители на Брекенхайм се насочват към шивашкия и строителния занаят. Особено около началото на века Брекенхайм се превръща във важен център за занаятчиите в "Ландхен". Разширяването на Висбаден и индустриализацията предлагат допълнителни възможности за работа.

През 60-те години на ХХ век Брекенхайм преживява силен растеж благодарение на доброто си местоположение между Висбаден, Майнц и Франкфурт и благоприятните цени на имотите. Създават се нови строителни зони и се разширява инфраструктурата. През 1977 г. Брекенхайм е присъединен към Висбаден, но запазва очарованието си на село.

През 1779 г. се появява първият печат на двора в Брекенхайм, чийто символ е архангел Михаил.