Регион вокруг Брекенхайма был заселен уже около 6 000 лет назад. Археологические находки свидетельствуют о поселениях эпохи палеолита. Римляне также оставили свой след: римская дорога вела из Висбадена через Бирштадт и Брекенхайм в Хофхайм, что свидетельствует о стратегическом значении этого района.

Первое письменное упоминание о Брекенхайме можно найти в документе 950 года, когда король Отто I подарил своему вассалу Герунгу несколько владений, в том числе и Брекенхайм. В это время деревня еще не была закрытым поселением, а состояла из отдельных ферм.

В средние века и в начале нового времени Брекенхайм неоднократно подвергался разрушениям. Особенно сильно деревня пострадала во время Тридцатилетней войны, причем значительный урон был нанесен и церкви.

Брекенхайм был официальной резиденцией в 1776 году, а затем был перенесен в Валлау. В 1803 году Брекенхайм перешел к Нассау-Усингену, а затем к герцогству Нассау. В период правления Нассау в городе были построены первые дороги в 1831-1836 годах. Однако это развитие прекратилось в 1866 году с аннексией Пруссии.

Во времена прусского владычества Брекенхайм входил в округ Висбаден административного округа Гессен-Нассау. В 1928 году округ Висбаден был расформирован, а Брекенхайм вошел в состав округа Майн-Таунус с административным центром во Франкфурте-на-Хохсте. Желание включить город в состав Висбадена осталось нереализованным, так как прусское правительство отказало в этом.

Брекенхайм избежал серьезных разрушений во время Второй мировой войны. Строительство автобана в 1936-1939 годах разделило район, и участки были реорганизованы. После окончания войны в Брекенхайм переехало большое количество семей беженцев, что привело к значительному дефициту жилья. Однако в начале 1950-х годов он был успешно преодолен благодаря интенсивному жилищному строительству.

Брекенхайм оставался фермерской деревней вплоть до 1950-х годов, но сельское хозяйство перестало быть основным занятием. Все больше жителей Брекенхайма стали заниматься портняжным и строительным ремеслом. В частности, в начале века Брекенхайм стал важным центром для ремесленников "лендхен". Расширение Висбадена и индустриализация открыли дополнительные возможности для трудоустройства.

В 1960-х годах Брекенхайм переживал бурный рост благодаря своему удачному расположению между Висбаденом, Майнцем и Франкфуртом и выгодным ценам на недвижимость. Были созданы новые районы застройки и расширена инфраструктура. В 1977 году Брекенхайм был включен в состав Висбадена, но сохранил свое деревенское очарование.

В 1779 году появилась первая печать Брекенгеймского двора с архангелом Михаилом в качестве символа.