La région autour de Breckenheim est peuplée depuis environ 6000 ans. Des découvertes archéologiques attestent l'existence de colonies datant du paléolithique. Les Romains ont également laissé des traces : une route romaine menait de Wiesbaden à Hofheim en passant par Bierstadt et Breckenheim, ce qui témoigne de l'importance stratégique de la région.

La première mention écrite de Breckenheim se trouve dans un document datant de 950. Le roi Otto Ier a fait don de plusieurs terres à son vassal Gerung, dont celles de Breckenheim. A cette époque, le village n'était pas encore une agglomération fermée, mais se composait de fermes isolées.

Au Moyen-Âge et au début des temps modernes, Breckenheim a subi des destructions répétées. La ville a été particulièrement touchée pendant la guerre de Trente Ans, et l'église a été considérablement endommagée.

En 1776, Breckenheim fut brièvement le siège de l'administration avant que celle-ci ne soit transférée à Wallau. En 1803, Breckenheim fut rattaché à Nassau-Usingen, puis au duché de Nassau. A l'époque de Nassau, les premières rues furent construites dans la localité entre 1831 et 1836. Ce développement prit toutefois fin en 1866 avec l'annexion par la Prusse.

Sous la domination prussienne, Breckenheim faisait partie du district de Wiesbaden dans la région administrative de Hesse-Nassau. En 1928, le district de Wiesbaden fut dissous et Breckenheim fut rattaché au district du Main-Taunus dont le siège administratif était à Francfort-Höchst. Le souhait d'un rattachement à Wiesbaden n'a pas été réalisé, car le gouvernement prussien s'y est opposé.

Breckenheim a été épargné par des destructions majeures pendant la Seconde Guerre mondiale. La construction de l'autoroute entre 1936 et 1939 a divisé le territoire communal et les terrains ont été réorganisés. Après la fin de la guerre, un grand nombre de familles de réfugiés s'installèrent à Breckenheim, ce qui entraîna une importante pénurie de logements. Celle-ci a cependant pu être surmontée avec succès au début des années 1950 grâce à une construction intensive de logements.

Jusque dans les années 1950, Breckenheim est resté un village agricole, mais l'agriculture n'était plus depuis longtemps l'activité principale. De plus en plus d'habitants de Breckenheim se tournèrent vers la couture et le bâtiment. C'est surtout au tournant du siècle que Breckenheim est devenu un centre artisanal important dans le "Ländchen". L'expansion de Wiesbaden et l'industrialisation ont offert des possibilités de travail supplémentaires.

Dans les années 1960, Breckenheim a connu une forte croissance grâce à sa bonne situation entre Wiesbaden, Mayence et Francfort et au prix avantageux des terrains. De nouvelles zones de construction ont vu le jour et l'infrastructure a été développée. En 1977, Breckenheim a été rattaché à Wiesbaden, mais a conservé son charme de village.

En 1779, le premier sceau du tribunal de Breckenheim est apparu, avec l'archange Michel comme symbole.