Die Region rund um Breckenheim ist seit etwa 6.000 Jahren besiedelt. Archäologische Funde belegen Siedlungen aus der Altsteinzeit. Auch die Römer hinterließen ihre Spuren: Eine Römerstraße führte von Wiesbaden über Bierstadt und Breckenheim nach Hofheim, was auf die strategische Bedeutung des Gebiets hinweist.

Die erste schriftliche Erwähnung von Breckenheim findet sich in einer Urkunde aus dem Jahr 950. König Otto I. schenkte an seinen Vasallen Gerung mehrere Ländereien, darunter auch in Breckenheim. Zu dieser Zeit war der Ort noch keine geschlossene Siedlung, sondern bestand aus Einzelhöfen.  

Im Mittelalter und in der Frühen Neuzeit gab es in Breckenheim wiederholt Zerstörungen. Besonders schwer traf es den Ort während des Dreißigjährigen Krieges, auch die Kirche wurde erheblich beschädigt.

Breckenheim war 1776 kurzzeitig Amtssitz, bevor dieser nach Wallau verlegt wurde. 1803 ging Breckenheim an Nassau-Usingen und später an das Herzogtum Nassau. In der nassauischen Zeit wurden zwischen 1831 und 1836 die ersten Straßen im Ort gebaut. Diese Entwicklung endete jedoch 1866 mit der Annexion durch Preußen. 

Unter preußischer Herrschaft gehörte Breckenheim zum Landkreis Wiesbaden im Regierungsbezirk Hessen-Nassau. 1928 wurde der Landkreis Wiesbaden aufgelöst und Breckenheim kam zum Main-Taunus-Kreis mit Verwaltungssitz Frankfurt-Höchst. Der Wunsch nach einer Eingliederung in Wiesbaden blieb unerfüllt, da die preußische Regierung dies ablehnte. 

Breckenheim blieb im Zweiten Weltkrieg von größeren Zerstörungen verschont. Der Bau der Autobahn in den Jahren 1936 bis 1939 teilte die Gemarkung, die Grundstücke wurden neu geordnet. Nach Kriegsende zog eine große Zahl von Flüchtlingsfamilien nach Breckenheim, was zu einer erheblichen Wohnungsnot führte. Diese konnte jedoch Anfang der 1950-er Jahre dank intensiven Wohnungsbaus erfolgreich überwunden werden.

Bis in die 1950-er Jahre blieb Breckenheim ein Bauerndorf, doch die Landwirtschaft war längst nicht mehr der Hauptberuf. Immer mehr Breckenheimerinnen und Breckenheimer wandten sich dem Schneider- und Bauhandwerk zu. Besonders um die Jahrhundertwende wurde Breckenheim so zu einem bedeutenden Handwerkerzentrum im "Ländchen“. Der Ausbau Wiesbadens und die Industrialisierung boten zusätzliche Arbeitsmöglichkeiten.

In den 1960-er Jahren erlebte Breckenheim durch die gute Lage zwischen Wiesbaden, Mainz und Frankfurt sowie durch günstige Grundstückspreise ein starkes Wachstum. Neue Baugebiete entstanden und die Infrastruktur wurde ausgebaut. 1977 wurde Breckenheim nach Wiesbaden eingemeindet, behielt jedoch seinen dörflichen Charme.

1779 erschien das erste Siegel des Breckenheimer Gerichts mit dem Erzengel Michael als Symbol.