Region wokół Breckenheim jest zamieszkany od około 6000 lat. Znaleziska archeologiczne dokumentują osadnictwo z epoki paleolitu. Rzymianie również pozostawili swój ślad: rzymska droga prowadziła z Wiesbaden przez Bierstadt i Breckenheim do Hofheim, co wskazuje na strategiczne znaczenie tego obszaru.

Pierwszą pisemną wzmiankę o Breckenheim można znaleźć w dokumencie z 950 roku, kiedy to król Otto I nadał swojemu wasalowi Gerungowi kilka posiadłości, w tym Breckenheim. W tym czasie wioska nie była jeszcze zamkniętą osadą, ale składała się z pojedynczych gospodarstw.

W średniowieczu i czasach nowożytnych Breckenheim było wielokrotnie niszczone. Wieś ucierpiała szczególnie mocno podczas wojny trzydziestoletniej, kiedy to znacznym zniszczeniom uległ również kościół.

Breckenheim było przez krótki czas oficjalną siedzibą w 1776 r., zanim zostało przeniesione do Wallau. W 1803 roku Breckenheim przeszło do Nassau-Usingen, a później do Księstwa Nassau. W okresie Nassau, pierwsze drogi zostały zbudowane w mieście w latach 1831-1836. Rozwój ten zakończył się jednak w 1866 roku wraz z aneksją przez Prusy.

Pod panowaniem pruskim Breckenheim należało do powiatu Wiesbaden w okręgu administracyjnym Hesja-Nassau. W 1928 r. powiat Wiesbaden został rozwiązany, a Breckenheim stał się częścią powiatu Main-Taunus z centrum administracyjnym we Frankfurcie-Höchst. Pragnienie włączenia do Wiesbaden pozostało niespełnione, ponieważ rząd pruski odmówił.

Breckenheim uniknęło poważnych zniszczeń podczas II wojny światowej. Budowa autostrady w latach 1936-1939 podzieliła dzielnicę, a działki zostały zreorganizowane. Po zakończeniu wojny duża liczba rodzin uchodźców przeniosła się do Breckenheim, co doprowadziło do znacznego niedoboru mieszkań. Został on jednak skutecznie przezwyciężony na początku lat 50. dzięki intensywnemu budownictwu mieszkaniowemu.

Breckenheim pozostało wioską rolniczą do lat 50-tych XX wieku, ale rolnictwo nie było już głównym zajęciem. Coraz więcej mieszkańców Breckenheim zajmowało się krawiectwem i budownictwem. Szczególnie na przełomie wieków Breckenheim stało się ważnym ośrodkiem dla rzemieślników w "Ländchen". Ekspansja Wiesbaden i industrializacja oferowały dodatkowe możliwości zatrudnienia.

W latach 60-tych Breckenheim doświadczyło silnego wzrostu dzięki dobrej lokalizacji między Wiesbaden, Moguncją i Frankfurtem oraz korzystnym cenom nieruchomości. Powstały nowe obszary budowlane, a infrastruktura została rozbudowana. Breckenheim zostało włączone do Wiesbaden w 1977 roku, ale zachowało swój wiejski urok.

W 1779 r. pojawiła się pierwsza pieczęć dworu Breckenheim z archaniołem Michałem jako symbolem.