Регіон навколо Брекенхайму був заселений близько 6 000 років тому. Археологічні знахідки свідчать про поселення часів палеоліту. Римляни також залишили свій слід: римська дорога вела з Вісбадена через Бірштадт і Брекенхайм до Хофгайму, що свідчить про стратегічне значення цієї місцевості.

Першу письмову згадку про Брекенгайм можна знайти в документі від 950 року, коли король Оттон I подарував своєму васалу Герунгу кілька маєтків, серед яких був і Брекенгайм. У цей час село ще не було закритим поселенням, а складалося з окремих фермерських господарств.

У середньовіччі та ранньому новому часі Брекенгайм неодноразово зазнавав руйнувань. Особливо сильно село постраждало під час Тридцятилітньої війни, церква також зазнала значних пошкоджень.

У 1776 році Брекенгайм ненадовго став офіційною резиденцією, а потім був перенесений до Валлау. У 1803 році Брекенгайм перейшов до Нассау-Усінгена, а згодом до герцогства Нассау. За часів Нассау в місті були побудовані перші дороги між 1831 і 1836 роками. Однак цей розвиток завершився у 1866 році з приєднанням до Пруссії.

За прусського правління Брекенгайм належав до округу Вісбаден в адміністративному окрузі Гессен-Нассау. У 1928 році округ Вісбаден був розформований, а Брекенгайм став частиною округу Майн-Таунус з адміністративним центром у Франкфурті-на-Майні. Бажання приєднатися до Вісбадена залишилося нереалізованим через відмову прусського уряду.

Під час Другої світової війни Брекенгайм не зазнав значних руйнувань. Будівництво автобану між 1936 і 1939 роками розділило район, і ділянки були реорганізовані. Після закінчення війни до Брекенхайму переїхала велика кількість сімей біженців, що призвело до значного дефіциту житла. Однак цю проблему було успішно подолано на початку 1950-х років завдяки інтенсивному житловому будівництву.

До 1950-х років Брекенгайм залишався фермерським селом, але землеробство перестало бути основним заняттям. Дедалі більше мешканців Брекенгайма займалися кравецькою та будівельною справою. Зокрема, на рубежі століть Брекенгайм став важливим центром для ремісників у "Ландхені". Розширення Вісбадена та індустріалізація створили додаткові можливості для працевлаштування.

У 1960-х роках Брекенхайм переживав стрімке зростання завдяки вдалому розташуванню між Вісбаденом, Майнцем і Франкфуртом та вигідним цінам на нерухомість. Було створено нові райони забудови та розширено інфраструктуру. У 1977 році Брекенхайм був приєднаний до Вісбадена, але зберіг свій сільський шарм.

У 1779 році з'явилася перша печатка Брекенгаймського суду із зображенням архангела Михаїла.