Consecințele igienice ale acestui sistem au fost grave. Acest lucru a fost deosebit de vizibil în Wiesbaden din cauza apei termale calde, care a oferit condiții de viață deosebit de favorabile pentru agenții patogeni. Morile de cereale acționate cu apă, situate sub oraș, în direcția Rinului, răspândeau agenții patogeni pe scară largă și reprezentau cea mai mare sursă de infecție pentru populație. O epidemie gravă de febră tifoidă în 1885 a însemnat punctul de cotitură pentru Wiesbaden.

Imediat după aceea, a fost inițiată o rețea de canalizare separată la nivelul întregului oraș, independentă de canalizarea râurilor. În principiu, aceasta este încă în funcțiune și astăzi și a fost doar adaptată la creșterea orașului. Cei aproximativ 800 de kilometri de canalizare municipală colectează apele uzate menajere și comerciale, apa de ploaie și apa din cursurile de apă drenate, precum și apa termală și le transportă la stația principală de epurare a apelor uzate. Structura centrală a sistemului de canalizare este canalul Salzbach, care a fost construit în 1907 între Warme Damm și stația principală de tratare a apelor uzate și care transportă separat apa de pârâu și apa uzată.