Die hygienischen Folgen dieses Systems waren gravierend. Das war in Wiesbaden aufgrund des warmen Thermalwassers besonders spürbar, denn dieses bietet Krankheitserregern besonders gute Lebensbedingungen. Über die unterhalb der Stadt in Richtung Rhein gelegenen wasserbetriebenen Getreidemühlen wurden die Krankheitserreger weit verbreitet und stellten die größte Infektionsquelle für die Bevölkerung dar. Eine schwere Typhusepidemie 1885 bedeutete für Wiesbaden den Wendepunkt. 

Unmittelbar danach wurde ein stadtweites, von den Bachkanälen unabhängiges, separates Kanalnetz in Angriff genommen. Dieses ist im Prinzip noch bis heute in Funktion und wurde lediglich dem Wachstum der Stadt angepasst. Die rund 800 Kilometer städtischen Abwasserkanäle nehmen häusliches und gewerbliches Schmutz-, Regen- und Bachwasser der gefassten Bäche sowie Thermalwasser auf und führen es zum Hauptklärwerk ab. Zentrales Bauwerk des Kanalsystems ist der Salzbachkanal, der 1907 zwischen dem Warmen Damm und dem Hauptklärwerk errichtet wurde und Bachwasser und Abwasser separat führt.